カラムクロマトグラフィーをうまく行なうには、充填剤を均一に詰めるということが大切です。それができれば、半分くらいは成功したと言えます。ただ、次のような場合もありますので、ご注意を。
ある学生がカラム処理をしていた。充填剤を均一に詰めることができたので、その出来に満足していた。まずは、ジクロロメタンを展開溶媒に用いて溶出しやすい成分を出した。後は残りの２成分を分離するのみである。酢酸エチルを展開溶媒にTLCでは残りの２成分もスポットが比較的離れて現れていたので、容易に分離できるはずである。
そこで、カラムの展開溶媒を酢酸エチルに替えて展開をし始めた。酢酸エチルが進むに従って、若干透明感のあったシリカゲルカラムが白く変化していく様子が観察された。すると、充填剤の中で爆発が起こったように、ボコッと音を立てながらシリカゲルが持ち上げられ隙間ができた。また、その下でも同様のことがおこり、結果的にあちらこちらで充填剤に隙間ができてしまった。学生は「折角、きれいに詰めたのに」と思いながら、ぐだぐだとカラム処理を続けたのであった。
異なった溶媒を混合しますと、混和熱が生じます。沸点の低い（あるいは揮発性が高い）ジクロロメタンなどを展開溶媒に用いていますと、気化が起こり体積が急激に大きくなります。しかし、生じたガスは行き場がありませんので、充填剤を持ち上げて逃げていきます。展開溶媒の極性を急激に変えることは避けて、中間の極性の溶媒を挟むようにしましょう。